华侨大学档案馆于2011年6月在华侨大学综合档案室的基础上成立，2012年8月31日正式开始独立运行。

  在学校创办初始，1960年华侨大学党委办公室成立文书档案室，文革期间学校停办，学校档案寄存福建省档案馆保管，1978年学校复办后这部分档案运回学校。1988年学校在文书档案室和科技档案室的基础上合并成立综合档案室，归属于校长办公室。2000年综合档案室成为挂靠校长办公室的独立机构。

  2010年10月，国务院侨办会同国家档案局对华侨大学的档案工作进行了检查，认为华侨大学已具备成立档案馆的条件，建议学校申请报批档案馆建馆工作。2010年11月，华侨大学召开全校档案工作研讨会，正式提出筹建档案馆，成立了档案馆筹备组，开展前期调研工作。2011年5月，学校成立档案工作委员会，负责全校档案工作的统筹协调、发展规划、规章制度建设、档案检查评估等工作。2011年6月，学校决定在学校综合档案室的基础上成立华侨大学档案馆，为处级建制，随后开始相关筹备工作。

  在档案馆筹备的过程中，2012年2月15日，学校印发了《华侨大学档案工作“十二五”发展规划》，在全面回顾总结学校档案工作十一五建设成果的基础上，提出了“认真贯彻落实《高等学校档案管理办法》，实现全校各类档案的集中统一管理和提供利用，实现档案工作的数字化、网络化、信息化管理，加快实现两校区、异地办公、信息共享的目标，达到国家关于高校档案工作发展和管理现代化的要求”的发展目标，并从档案管理的规范化建设、档案管理的集中统一建设、档案管理的法制化建设、档案管理的信息化数字化建设、档案馆的馆舍建设和基础设施建设、档案资源的开放服务和开发利用、档案管理的队伍建设等方面提出了学校今后档案工作的发展目标和工作任务。

  2012年8月31日，档案馆正式开始独立运行，并开始进行厦门校区档案分馆的建设工作。厦门校区档案分馆以开放、文化、服务为建馆理念，在建设中，一是强化保管和安防措施，使档案馆继续成为学校重要的档案保管基地和电子文件管理中心；二是体现服务功能，使档案馆成为服务工作大局的档案查阅利用中心；三是延伸服务功能，使档案馆成为学校公开信息综合查阅中心；四是发挥资源优势，使档案馆成为弘扬中华侨情文化和侨校文化宣传教育的编研利用中心。在功能设计上，除保障档案馆传统的收藏保管、利用服务的功能外，适当增加开放和教育等功能，树立档案大文化的概念，设置展览陈列等宣传教育功能区，打造档案馆的校园文化内涵。在安防系统上按照国家对档案馆的建设要求建设了包括视频监控系统、入侵报警系统、门禁管理系统、消防系统、恒温恒湿空调系统在内的全套安防系统。2012年12月24日，厦门校区档案分馆从行政主楼搬迁至郑年锦图书馆二期二楼，档案馆厦门校区分馆正式投入使用。

  华侨大学档案馆两校区运行，总面积1730平方米。主馆设在泉州校区，面积330平方米，厦门校区设有分馆，面积1400平方米。截至2012年底，华侨大学档案馆设有专职档案干部5名，其中管理人员2名，业务人员3名。馆藏学校各类档案：全宗1个，案卷35407卷（案卷排架长度616米），以件为保管单位档案77829件（排架长度45米），照片档案23254张，底图1224张，实物338件，馆藏资料2317册。归档电子文件17950件（4GB），数码照片18600张（330GB），建有文件级档案机读目录174567条。