综合科

负责研究生院行政管理、综合协调工作，包括文件管理、党建宣传及各类信息的统计与上报等工作。

培养与学位一科

负责泉州校区相关学院培养与学位工作，统筹协调两校区学位工作。

培养与学位二科

负责厦门校区相关学院培养与学位工作，统筹协调两校区培养工作。

招生办公室

负责各类境内研究生的招生及考录管理工作，协助境外研究生的推免、招生考录等工作。

境外研究生教育管理中心

负责境外研究生教育管理相关工作，包括境外研究生招生录取、境外合作事宜的管理和宣传等工作。

质量科

负责研究生培养质量监控、导师遴选与招生资格审核、研究生教育质量年度报告数据采集等工作。

实践科

负责研究生工作站、联合培养基地、专业学位研究生联合培养示范基地的日常管理等工作。

学科建设办公室

负责学科建设工作，组织开展学科（学位点）的申报、评估以及日常管理等工作。